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Saint François Xavier, co-fondateur de la Compagnie de Jésus, est né et a vécu dans ce château. Sa construction remonte au Xe siècle, mais au fil des années, jusqu'au XVe siècle, elle a subi plusieurs rénovations. C'est un bon exemple de forteresse médiévale et l'un des lieux les plus visités de Navarre. Chaque année, au mois de mars, lorsque sont célébrées les Javieradas, elle a pour tradition d'accueillir les pèlerins qui se rendent chaque année à la ville de Javier.
Il est classé bien d’intérêt culturel et patrimoine historique d’Espagne. Le nom de Javier vient du basque etxeberri (« nouvelle maison »), qui au cours de son évolution est devenu javier. L'orthographe originale est Xavier, tandis qu'en basque il s'écrit Xabier.
Il est composé de trois corps, successivement échelonnés par ordre d'ancienneté. Les points forts incluent la « Torre del Santo Cristo », un bastion et une chapelle où se trouvent un intéressant crucifix de style gothique tardif et une série de peintures murales représentant la danse de la mort, unique en Espagne ; la "Tour de l'Hommage", appelée San Miguel (la partie la plus ancienne du château) et le musée dédié à la vie du saint. Sur ses bases se trouvent des traces et des socles musulmans qui pourraient remonter au Xe siècle. Au XIe siècle, fut formée la première enceinte d'enceinte qui abrita les premières pièces. Au XIIIe siècle, deux corps polygonaux et deux tours flanquantes furent ajoutés dans les quatre orientations.
Le château et la ville de Javier furent conquis par Sancho VII de Navarre vers 1223. Un noble aragonais les avait donnés en garantie d'un prêt de 9 000 appointements que lui avait accordé le monarque navarrais, mais à l'expiration du terme et sans pouvoir effectuer le paiement, ils devinrent la propriété de Sancho. Ce n'était pas la première fois, et ce ne serait pas la dernière, puisque Sanche VII fut l'un des grands prêteurs de la Couronne d'Aragon et, grâce aux prêts non remboursés, il s'empara d'une série de villes et de châteaux donnés en garantie qui l'aidèrent à renforcer ses frontières avec l'Aragon : Escó, Peña, Petilla, Gallur, Trasmoz, Sádaba, etc.
Au début du XXe siècle, la duchesse de Villahermosa fit don du château et de la basilique à la Compagnie de Jésus à la condition qu'ils soient entretenus tels qu'ils lui avaient été donnés. Dans la crypte de la basilique reposent les restes de ceux qui ont contribué à la reconstruction du château et à l'érection de la basilique : la duchesse de Villahermosa, son mari José Manuel de Goyeneche (comte de Guaqui) et les frères et sœurs María Josefa (duchesse de Goyeneche), Carmen (duchesse de Gamio) et José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fondateur de la Fondation Goyeneche).
Saint François Xavier est né dans le château appartenant à ses parents, María de Azpilicueta et Juan de Jaso, le 7 avril 1506. Son père était docteur en droit et président du Conseil Royal. Sa mère appartenait à la noblesse locale. Ses frères et sœurs aînés étaient Magdalena, Ana, Miguel et Juan. Le château fut sa demeure pendant 19 ans. De là, il part étudier à l'Université de la Sorbonne à Paris, où il retrouve Ignace de Loyola. Avec lui et d'autres amis, ils décident de fonder la Compagnie de Jésus.
Avec le parrainage du roi du Portugal, il se lance dans l'évangélisation des Indes orientales. Durant ces années, il accomplit son œuvre missionnaire en Inde, aux Moluques, à Malacca, au Mozambique... jusqu'à atteindre le Japon. Juste au moment de réaliser sa plus grande aspiration, entrer en Chine pour continuer sa mission évangélisatrice, il mourut sur la côte de l'île de Sancián le 3 décembre 1552. Francisco de Javier fut canonisé le 12 mars 1622.
Aujourd'hui, entre autres, il est le saint patron de Navarre, de plusieurs pays comme le Canada et l'Australie, des athlètes navarrais en général et des pelotaris du monde en particulier, patron de la jeunesse de Navarre, des Misiones, du tourisme en Espagne. Chaque année, dans la première quinzaine du mois de mars et coïncidant avec la neuvaine de grâce, Javier devient le but du pèlerinage pénitentiel pour toute la Navarre. La fréquentation moyenne est de 30 000 personnes chaque week-end.
